2009年11月，中国陕西佛坪国家级自然保护区的科技人员在大熊猫分布的核心地区见到了一只罕见的棕色大熊猫幼仔。关于大熊猫的这种罕见皮毛，科学家们表达了不同的看法，甚至引发遗传学的讨论。科学家们担忧，这可能是近亲繁殖所致的后果。
作为生物界的活化石，大熊猫的繁殖问题一直备受关注，对此科学家们开展不同类型的研究工作对大熊猫进行全面彻底的研究。比如中国科学家们开展的大熊猫基因组测序工作。
关于棕色大熊猫的成因，科学界尚无定论，目前存在两种观点，一种是返祖说；一种是遗传说。返祖说是认为棕色毛色是一种原始的性状；遗传说认为它是隐性基因的纯合所致。
荷兰Twente大学自然资源系的生态学家王铁军（TiejunWang）表示，这是25年来在这个地区发现的第7只毛色异常的熊猫。王铁军在佛坪开展研究工作20余年。他表示，棕色熊猫的产生机制还是个谜。我们该找个时间讨论讨论这个问题，这对大熊猫的研究具有重要的意义。
王铁军和他的同事AndrewSkidmore认为，棕色-白色大熊猫的出现可能是大自然的一个警示，表明大熊猫近亲繁殖现象变得严重。
王铁军的证据是：秦岭的大熊猫拥多为拥有2个显性基因（黑白毛色），因此，棕色大熊猫是十分罕见的。棕色大熊猫的则同时继承2个隐性基因，这表明，秦岭的大熊猫近亲繁殖现象变得严重。
动物研究专家表示，遗传资源的单一性使得动物种群在面对环境的变化时失去调整功能，这样将加速物种灭绝的速度。
遗传分析
据王铁军介绍，目前，野生的棕色-白色大熊猫只在秦岭出现。在秦岭大概有300只野生熊猫，占野生大熊猫总数的1/6。
第一只棕色大熊猫１９８５年发现于佛坪自然保护区大古坪村，名叫“丹丹”，其后她与黑白大熊猫生下正常的黑白幼仔。几年后，再度发现棕色的大熊猫幼仔，但母亲却是黑白的。这些强烈的暗示，隐性基因逐步取代显性基因。
浙江大学的研究者Sheng-guoFang表示，这些论点是值得调查谈论的。Sheng-guoFang是秦岭大熊猫生态与遗传学领域的专家。他表示，可能还存在其他的解释。
Sheng-guoFang表示，尽管秦岭大部分的熊猫表现为黑白色，但很多该地区的大熊猫在胸部附近的毛色显示为棕色。这也许是秦岭地区大熊猫的特色，这些可能与环境或是化学物质有关。秦岭地区棕色的动物种类本来就比较丰富。如：金羚羊。
来自英国Cardiff大学的分子生态学家表明，近亲繁殖导致棕色大熊猫的产生具有科学性。这些年来关于大熊猫的基因组的分析支持这类观点。
2009年大熊猫基因组精细图谱已经在Nature杂志公布，研究者之一华大基因研究院的王俊研究员表示，从基因组图谱分析，大熊猫的确有近亲繁殖的迹象。
哈佛大学进化生物学家HopiHoekstra表示，在小鼠的基因组中，有125个基因控制色素沉积，对大熊猫而言，从基因组序列找出影响色素沉积的基因也具有一定的意义。
王俊表示，他们目前正在开展大熊猫色素沉积基因的研究，从已知的50个基因中来寻找答案，他们将对比秦岭大熊猫和其他地域大熊猫的色素控制基因。
